追試

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	layout="absolute"
	backgroundDisabledColor="#FF0000" >
	<mx:Script>
	<![CDATA[
	private function chgComboBoxEnabled():void{
		cb01.enabled = !cb01.enabled;
		cb02.enabled = !cb02.enabled;
	}
	]]>
	</mx:Script>
	<mx:ComboBox x="10" y="10" enabled="true" id="cb01"></mx:ComboBox>
	<mx:ComboBox x="178" y="10" enabled="false" id="cb02"></mx:ComboBox>
	<mx:Button x="10" y="40" label="chg" click="chgComboBoxEnabled()" />
</mx:Application>

enabledは表示後に切り替えても背景色は変わらないんですね・・・
今回のはまった原因のひとつでした。
ちなみにstateなどを切り替えると反映されました。